Desbloqueables
Música diferente en el final: Completa el juego tres veces.
Bandana: Completa el juego con el final de Meryl (resiste la tortura).
Modo Boss Survival: Termina el juego una vez.
Ninja Carmesí: Termina el juego dos veces.
Nivel de dificultad Extreme: Termina el juego una vez.
Demo de Meryl: Completa el juego con el final de Meryl.
Demo de Meryl (otra ropa): Termina el juego con Snake de Smoking y salvando a Meryl.
Demo de Otacon: Termina el juego con el final de Otacon (sucumbiendo a la tortura).
Demo de Otacon (otra ropa): Termina el juego con el final de Otacon y con Snake de Smoking.
Empezar con cámara: Termina el juego habiendo obtenido la cámara.
Camuflaje óptico: Termina el juego con el final de Otacon (sucumbiendo a la tortura).
Traje de Smoking de Snake: Termina el juego dos veces.
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