Zone of the Enders 3 finalmente no podría ver la luz, o hacerlo mucho más tarde de lo que los aficionados querrían. Hideo Kojima ha indicado que el juego ha sido dejado de lado, al menos por el momento.
"En cuanto a ZOE3, han sucedido varias cosas, así que más o menos lo hemos dejado de lado", ha afirmado Kojima. Aunque el juego no había sido confirmado oficialmente, Kojima había dado pistas en el pasado referentes al regreso de la saga.
Las declaraciones de Kojima son muy vagas, y podría referirse a que ahora están ocupados con otros proyectos a los que han dado más prioridad (como Metal Gear Rising, u otros), o cualquier otra situación interna referente al proyecto.