Edmund McMillen ha desvelado que The Binding of Isaac ha superado los 2 millones de unidades vendidas. El título está preparándose para llegar a PlayStation 3 y PlayStation Vita con The Binding of Isaac: Rebirth, que se lanzará también en ordenadores. Esta versión será una suerte de demake del juego original.
Las ventas del juego en junio de 2012 se fijaron en 700.000 copias desde su lanzamiento, lo que muestra que ha tenido un buen rendimiento comercial a largo plazo y que ha conseguido llegar a un amplio público.
El título recibió una calificación sobresaliente en Vandal Online.