Mass Effect 3 para Wii U será etiquetado por BioWare como la Special Edition del juego y la compañía ha desvelado las diferencias entre esta versión y las demás.
Melanie Faulknor, productora del juego, ha explicado que la principal diferencia, por supuesto, es el aprovechamiento de la pantalla táctil del mando que se utilizará "para controlar a tus compañeros de escuadrón, utilizanto tanto las habilidades de Shepard como las de tus compañeros e incluso jugar con el título desde el mando" usando la pantalla del mismo de forma exclusiva, prescindiendo de la televisión.
Incluirá también de serie el contenido descargable From Ashes y Extended Cut y los contenidos multijugador Rebellion, Resurgence y Earth, así como una arma pesada especial.
El cómic interactivo Genesis se actualizará para esta versión y permitirá conocer todos los hechos previos al comienzo de esta tercera entrega de la serie.