Desbloqueables
-Ayane (Ninja Gaiden Sigma)
Termina el modo historia en dificultad Guerrero o Maestro Ninja
-Ayane (Son Shoykou)
Termina 20 misiones en modo Misión en equipo
-Hayabusa (Choun Shiyru)
Termina el modo historia en dificultad Acólito
-Hayabusa (Ninja clásico)
Termina 10 misiones en modo Misión en equipo
-Hayabusa (Hayabusa Demonio)
Termina el modo historia en dificultad Guerrero o Maestro ninja
-Momiji (Sanzo Houshi)
Consigue la clasificación Maestro Ninja en 30 capítulos en el modo Capítulo Desafío
-Momiji (entrenamiento)
Termina el modo historia en dificultad Guerrero o Maestro Ninja
-Rachel (Predilecto)
Termina el modo historia en dificultad Maestro
-Rachel (Pelo largo)
Termina el modo historia en dificultad Acólito o Guerrero
-Rachel (Pelo corto de lobo)
Termina el modo historia en dificultad Acólito o Guerrero
-Rachel (Pelo con rizos)
Termina el modo historia en dificultad Acólito o Guerrero
Otros desbloqueables
-Modo Desafío Capítulo
Termina el juego en cualquier nivel de dificultad.
-Modo Misión en Equipo
Termina la primera misión en el modo historia en cualquier nivel de dificultad.
-Modo Master Ninja
Termina el juego en el modo Mentor
-Modo Mentor
Termina el juego en Acolyte, o modo Warrior
-Barra de salud dorada
Termina el juego en dificultad Maestro Ninja.
-Test de sonido
Termina el juego una vez en cualquier dificultad para desbloquear el test de sonido en el menú de opciones
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