Juega con la forma Kyubi o Demon de algunos personajes
Para jugar con las formas más poderosas de algunos de los personajes del juego (Kyubi o Demon), primero desbloquea todos los personajes del juego (incluyendo al cuarto Hokage). Luego, en la pantalla de selección de personaje, mantén presionado R1 y aprieta luego círculo para seleccionar al personaje que desees.
Consigue 100.000 Yen al comenzar un nuevo juego
Para conseguir 100.000 yens cuando comiences un nuevo juego, comienza un juego con una partida salvada de Naruto Ninja Heroes 3 en tu tarjeta de memoria.
Personajes desbloqueables desde una partida salvada de Narut
Si tienes una partida salvada de Naruto Ninja Heroes 3 en tu tarjeta de memoria, podrás desbloquear algunos personajes del juego, pero no todos. Para desbloquear los restantes, cumple los requisitos siguientes.
| Desbloqueables | Requisitos |
| Chiyo | Completa el Modo RPG. |
| Deidara | Véncele en el Modo RPG. |
| Itachi | Completa el Modo RPG. |
| Kisame | Véncele en el Modo RPG. |
| Sasori | Véncele en el Modo RPG. |
| Yondaime | Completa el Modo Héroe. |
Personajes desbloqueables desde una partida salvada de Narut
| Desbloqueables | Requisitos |
| Gaara (versión antigua) | En el Modo Héroe, vence a Gaara en su versión Shukaku con Naruto. |
| Chio | Completa el Modo Master. |
| Didara | Véncela en el Modo Master. |
| Itachi | Completa el Modo Master. |
| Kisame | Véncela en el Modo Master. |
| Sasori | Véncela en el Modo Master. |
| Yellow Flash | Completa todas las piezas de memoria en el Modo Master para luego jugar y completar el Modo Héroe. |
| Godaime Hokage (Tsunade) | En el Modo Héroe, desbloquea la escena donde ataca a Orochimaru. |
| Haku | Véncele en el Modo Héroe. |
| Jiraiya | En el Modo Héroe, desbloquea la escena donde Naruto proteje a Tsunade de Kabuto. |
| Kabuto | En el Modo Héroe, véncele usando a Naruto. |
| Kankurou (versión antigua) | En el Mod Héroe, desbloquea la escena de su lucha contra Shino durante la invasión de Konoha. |
| Nidaime Hokage | En el Modo Héroe, desbloquea la escena del funeral de Sandaime. |
| Orochimaru | Jugando en el Modo Héroe, consíguelo después de vencerlo con Naruto. |
| Sandaime Hokage | En el Modo Héroe, vence a Orochimaru usándole durante la invasión de Konoha. |
| Shizune | En el Modo Héroe, desbloquea la escena donde Tsunade ataca a Orochimaru. |
| Temari (versión antigua) | En el Mod Héroe, desbloquea la escena de su lucha contra Shikamaru durante los Exámenes Chuunin. |
| Zabuza | Véncele en el Modo Héroe. |
