Originalmente, áreas del Shell 2 bajo el agua estaban ocupadas por tiburones. Durante esos momentos, Raiden debía escapar de ellos aguantando la respiración. Una táctica para engañarlos era herirse, dejando un rastro de sangre para escapar.

La mancha de la sangre de Emma en el traje de su hermano Otacon fue una idea de Kojima para demostrar la fealdad y crudeza de la guerra. El equipo no estaba de acuerdo en la idea.

El final de Solidus fue modificado varias veces. Raiden tenía que cortar sus tentáculos en forma de serpiente y entonces atacar por la espalda para acabar con la conexión en su vértebra, y dejarlo inmóvil. Como golpe final, había que decapitarlo al estilo samurái. Esto se cambió y se pensó en Solidus clavándose su propia Katana en su estómago. Pero finalmente se optó por la idea de que Solidus rechazara usar sus tentáculos y luchar como un auténtico guerrero. Aún así, el corte en la vértebra sigue en la secuencia del producto final.

Los rescates de Emma y James Johnson eran opciones que el jugador tenía que escoger. Solid Snake se ocupaba del otro.

Varios personajes fueron eliminados del juego. Chinaman era un guerrero al estilo Jet Li capaz de moverse a una velocidad increíble, así como correr por el agua y llamar al dragón tatuado en su cuerpo para que le ayudara a atacar. Sin embargo, algunas de sus características las heredó Vamp. Oldboy era un soldado de cien años que enseñó a muchos maestros militares, incluyendo a Big Boss. En el combate contra él, usaba tus mismas armas. Doc era una especie de Master Miller que diseñó la inteligencia artificial de Arsenal Gear y que daba información sobre Big Shell. Finalmente, estaba Max, una especie de Mei Ling. Ambos personajes eran entes virtuales, productos del S3.

Había originalmente una enfermería en el Big Shell donde los heridos eran enviados a recuperarse, y volvían después al campo de batalla. Destruyéndola, no volverían a aparecer. Esta idea aparecería más tarde en Metal Gear Solid 3: Snake Eater.

El diseño de la máscara de Raiden estaba inspirada por el Ninjutsu místico, donde el Ninja mordía una barra durante sus transformaciones mágicas.

El primer concepto de Raiden que tuvo Yoji Shinkawa era una especie de Spiderman capaz de subirse por las paredes. Kojima rechazó esta idea inmediatamente.

En un principio, Raiden fue diseñado como un cyborg, con un panel triangular en su hombro que podía verse cuando estaba desnudo.

Parece ser que todos los personajes son piezas de un ajedrez. Fortune es "Queen" (la Reina), Solidus es llamado "King" (el Rey) y el nombre real de Raiden es Jack (Jaque).

La película Titanic influye en esta secuela: un barco que se hunde y una pareja llamada Jack y Rose.

La manera de entrar de Solid Snake en el buque Discovery está sacada de Terminator.

Kojima hace un homenaje a Expediente X llamando al Ninja Mr. X. En Metal Gear Solid, el Ninja se hacía llamar Garganta Profunda. Mr.X y Garganta Profunda son dos personajes de la serie de Chris Carter.

Todas las áreas dentro del Arsenal Gear se llaman como las partes digestivas del cuerpo humano. Es un homenaje a Pinocho, donde Pinocho entra dentro de una ballena gigante. Raiden es Pinocho y Arsenal Gear la ballena.

El diseño del traje de Snake parte de la idea de que ahora Snake pertenece a una organización pequeña, sin ánimo de lucro. Ahora, al no trabajar ya para la inexistente FOXHOUND, su traje es más humilde y sencillo. La munición y los equipamientos están colgando porque no tiene bastantes bolsillos como en el pasado.

Snake llevando el traje de SEAL en el episodio del Big Shell es una buena excusa para verle con un traje decente. El empeño de Kojima por usar el traje de los SEAL se debe a que ahora Snake es una persona más vieja y madura. Quería que Shinkawa lo diseñara un poco más obeso, pero esto no es remarcable.

Scott Dolph, aparte de ser el comandante de los Marines, es realmente el guardaespaldas de Kojima. Un guiño amistoso.

El arma que usa Fortune es una Rail Gun miniaturizada. El mismo tipo de arma de la que constaba Metal Gear Rex en el primer juego.

El doblaje japonés tuvo lugar desde el 24 de febrero de 2000 hasta el 13 de julio de 2001. El americano, del 9 al 20 de julio de 2001. En Japón, Kojima estuvo en cada sesión de grabación, dirigiendo a los dobladores y ajustando las emociones. En América, se encargó Scott Dolph.

Cada detalle de la secuencia introductoria en la que Snake salta al buque fue meticulosamente calculada. Lluvias, posiciones, reflejos... Todo salió a la perfección.

Kojima enseñó el juego por primera vez en el E3 dando las gracias al gran apoyo que recibió Metal Gear Solid tres años antes.

Hideo Kojima se encargó personalmente de grabar y editar el tráiler del E3 2000. Lo que ocurría en el vídeo fue todo real, incluyendo reacciones de Snake y los soldados. Aunque el equipo tuvo que engañar a la inteligencia artificial para facilitar ciertas acciones. Muchas secuencias fueron fruto de pura suerte y coincidencias. Yoji Shinkawa expresó un ¡Wow! al verlo, pero Konami America se preocupó al saber por su duración (nueve minutos), pero finalmente, el público se enamoró de la nueva entrega para PlayStation 2.

El juego iba a desarrollarse en Oriente Medio, con Liquid y su banda secuestrando el nuevo modelo de Metal Gear. Pero debido a la intensión de las guerras del momento, la idea se descartó.

Raiden nació gracias a diversas encuestas a jóvenes de Japón, que deseaban un protagonista mucho más joven.

Secuencias que involucraban un gran número de personajes descartadas: Raiden ocupándose de un ejército de soldados mientras Emma, herida de muerte, es atendida por Snake; los cuerpos muertos de los rehenes cuando Arsenal se activa y Snake y Raiden tienen que abrirse paso y finalmente, los soldados de Gurlukovich disparando a las tropas de Solidus mientras Snake y Raiden pelean contra Liquid Ocelot y Solidus.

Uno de los obejtivos de Snake en el buque era plantar explosivos C4 para destruir el Metal Gear Ray.

Algunos nombres originales: el Coronel se llamaba Daniel Quinn, Solidus Snake recibía el alias de George Ryan y los personajes descartados Max y Doc, Maxine Work y William Wilson respectivamente.

Originalmente, el Ninja iba a tener tres voces diferentes para despistar. Serían las voces de Meryl, Sniper Wolf y Naomi Hunter.