En un primer momento, Cryptic Studios decidió no ofrecer los puentes de mando de las naves espaciales de
Star Trek Online entre los contenidos y opciones iniciales del videojuego masivo en línea que lanzarán el 5 de febrero en Europa.
Craig Zinkievich, productor ejecutivo del juego, ha admitido que "no queríamos tener interiores en el lanzamiento", en referencia a los interiores de las naves espaciales. "Pensábamos que quizás fuese demasiado. Realmente queríamos asegurarnos de que ofrecíamos una experiencia muy profunda, pero no tener el puente de mando en el juego realmente daba la sensación de que faltaba algo, y fue algo que tuvimos que introducir."
Los jugadores podrán escoger entre diferentes diseños de puentes de mando de naves aparecidas en las series y películas, como las diferentes Enterprise, o la Defiant de Deep Space 9. Su función en el juego será la de servir como un punto de encuentro social en el que los jugadores podrán hablar con los personajes controlados por la inteligencia artificial y también con otros capitanes (jugadores reales).