La versión para Nintendo 3DS de Mega Man Legacy Collection está prevista para llegar en los próximos meses, previsiblemente ya en 2016. Capcom ha anunciado que será compatible con la figura amiibo de Mega Man, que forma parte de la gama de figuras que ya están disponibles a través de las asociadas a la plantilla de personajes de Super Smash Bros.
Usar la figura coleccionable del veterano héroe de Capcom permitirá al jugador desbloquear diez retos adicionales para el modo específico Challenges. Se trata de diez retos totalmente inéditos creados para la ocasión.
El modo de retos del juego nos pone en diferentes y complicadas situaciones extraídas de los seis juegos que forman parte de la compilación.
Los retos adicionales se integrarán en el juego como parte de los propuestos por aficionados a través de una competición convocada en el blog oficial de Capcom.