Metroid Prime: Federation Force llegó a plantearse también para Wii U, pero esta versión fue descartada debido a los recursos que tenían disponibles para la creación del título.
En declaraciones concedidas al medio estadounidense Engadget, Kensuke Tanabe, productor de la saga, ha desvelado que la idea de crear el juego surgió cuando vieron las características de New Nintendo 3DS, en especial su segundo stick analógico. "El último juego de la saga Prime se lanzó en 2007; ya ha pasado un tiempo. Cuando me enteré de la New 3DS, con su stick C, pensé que sería ideal para juegos de acción. Pensé que sería genial tener un Prime junto al lanzamiento de la consola".
El objetivo de tener el juego para su debut no se logró, evidentemente, pero no es la única revelación de Tanabe: se planteó la idea de lanzar el juego no solo en la portátil, sino también en la consola doméstica Wii U.
"Si he de ser honesto, evaluamos una versión para Wii U. Sin embargo, teníamos que tener en consideración los recursos que tenemos a nuestra disposición y qué equipos hay que dedicar para juego de Wii U", ha explicado.
