Cave Story 3D llegará a la eShop de Nintendo 3DS americana y europea. El título se lanzó en formato físico en 2011.
Nicalis ha indicado que el juego se publicará antes de final de año también en formato digital descargable tanto en América como en Europa.
La versión que se puede encontrar ya en la eShop de Nintendo 3DS es una conversión del original con sus gráficos bidimensionales; esta, en cambio, apostaba por una revisión de su aspecto para introducir efectos de imagen 3D.
Esta versión con gráficos 3D fue analizada en Vandal con una nota de notable.