Kojima Productions ha anunciado en el último podcast Hidechan que prepara un parche gratuito para Zone of the Enders HD Collection en su versión PlayStation 3.
La adaptación a alta resolución de los clásicos de PlayStation 2 no fue del todo perfecta ni en Xbox 360 ni en PlayStation 3, pero en el caso de la consola de Sony el resultado fue visiblemente inferior. Como con Silent Hill HD Collection, Konami no estaba contenta con el resultado, por lo que se lanzará esta actualización para mejorar la fluidez y calidad de imagen. También se lanzará una nueva edición física con estos cambios ya incluidos.
Konami no ha dado fecha estimada para este parche.