Las misiones de Killer is Dead se estructurán como episodios de televisión de manera que cada una de ellas es independiente aunque unidas forman un conjunto mayor, una trama que se va formando a través de los diferentes episodios.
Goichi Suda, creativo del juego, ha explicado que la idea es imitar la estructura de las series de televisión y le gustaría, incluso, que los jugadores se pasaran un capítulo cada día, "aunque estoy seguro de que todo el mundo lo jugará de una vez".
"Quería crear una historia que no pasara en un día, que tuviera vida a lo largo de varios días, con objetivos diferentes cada día", ha dicho Suda.