En cada uno de los distritos del juego encontraremos un Piso franco. Dentro de este piso podremos hablar con la persona al mando y examinar el panel de información de la zona para conseguir la localización de todas las misiones secundarias del juego. Estas misiones secundarias nos sirven para conseguir experiencia, suministros y créditos.
Asalto a la fortaleza
En estas misiones secundarias tu objetivo será la de ir a alguna fortaleza enemiga y acabar con todos los enemigos de la zona. Siempre aparece algún enemigo con protección al final por lo tanto debes ir preparado.
Suministro de agua
En estas misiones tu objetivo será el de hacer fluir el suministro de agua por unas tuberías. Cada vez que actives una de las válvulas tendrás que acabar con una oleada de enemigos.
Investigación del virus
Para poder iniciar estas misiones debes tener en cuenta cuál es tu nivel de filtro porque cada una de ellas requiere un nivel diferente según avances en los distritos.
En esta misión tendrás que examinar varias cajas que están repartidas por las zonas donde transcurre la misión. No encontrarás enemigos durante la misión pero tienes un tiempo determinado para completarlas.
Asistencia a la JTF
En estas misiones tu objetivo será el de ir al punto indicado y hablar con el comandante al mando. Nada más hablar comenzarán a aparecer oleadas de enemigos con las que debes acabar antes de que ellos acaban con el comandante.
Durante estas misiones cuentas con ayuda de varios soldados de la JTF por lo no será complicado completarlas.
Rescate de rehenes
En estas misiones tu objetivo será el de acabar con todos los enemigos que aparecen en la zona, buscar una llave y usarla para liberar a unos rehenes.
Suministros de caridad
En estas misiones tendrás que acabar con todos los enemigos que vayan llegando a la zona hasta que se acabe la cuenta atrás. Cuando se acabe el tiempo llegará una última oleada a la zona.
Punto de control
En estas misiones primero tendrás que activar alguna terminal para que vengan los miembros de la JTF. Una vez que lo actives llegarán varias oleadas de enemigos con las que debes acabar hasta que se acabe el tiempo de espera.
Interrumpir tráfico de armas
En estas misiones tendrás que acabar con algunos miembros de bandas que están realizando trapicheos con armas. Cuando acabes con los primeros enemigos tendrás que examinar las cajas de las armas para hacer que vengan los miembros de la JTF y esperar hasta que se acabe la cuenta atrás mientras acabas con varias oleadas de enemigos.
Adquisición de suministros
En estas misiones tu objetivo es el de localizar tres maletines que verás por la zona y llevarlos hasta una caja de seguridad. Primero acaba con todos los enemigos de la zona, luego coge un maletín y acaba con el resto de enemigos que aparecen antes de guardarlo. Repite el mismo proceso con el resto de maletines para completar la misión.
