Para que en la BMS de una Dark Note en el modo Chaos Shrine salga el 2º Boss en lugar de el 3º, debes tener menos del 75% de vida cuando hayas eliminado al segundo enemigo. Es decir, que si quieres enfrentarte a él, deberás fallar a propósito contra los dos primeros enemigos hasta que te resten más de un 25% de vida, eso y que en la previa FMS hayas llegado al cartel de 2nd & 3rd Boss, está claro. Creo que el Boss de las BMS en el Chaos sale en 5º lugar (el que tendría que ser el 5º enemigo, vamos), pero ahora no lo recuerdo bien porque hace mucho que no voy al Chaos, me dedico exclusivamente al Challenge (en serio que la BMS del FF IV en Ultimate es desesperante, no quiero imaginarme cuando tenga que hacerla en Perfect Chain).

La BMS del XIII te parece sencilla? :O

Pero en el Chaos Shrine no es necesario que completes todas las Dark Note, a no ser que estés buscando a Chaos. Si solo quieres Cristales y hay alguna que te resulta difícil (las de nivel 90 para arriba son las que incluyen flechas giratorias) la saltas y ya. Y como te han dicho, en el Chaos Shrine la clave está en los objetos y habilidades que te equipes. Si fallas mucho ponte pociones para aguantar.

Vamos por partes:

1 - Igual es por el StreetPass o los multis que me he echado, pero tengo más Dark Notes de las que he completado. Las nuevas Dark Notes que te dan, y sobretodo, su nivel, vienen determinadas por el nivel del grupo con el que te hayas pasado la última. Lo que también puedes hacer es borrar la última que hayas conseguido (la que esté más arriba), y volver a pasarte la nueva última con un grupo nuevo de bajo nivel, para asegurarte que la siguiente que te den sea fácil.

2 - Tienes tres numeraciones en las Dark Note: Primero, el #AA (AA pondremos que son dos números aleatorios), que simplemente es el número de Dark Note tal como la tienes ordenada. Después tienes el No. AA, ESO es lo que determina la dificultad de dicha Dark Note, cuanto más bajo sea ese número, más fácil será la Dark Note. Y finalmente tienes el Mv. AA, que el primer número determina cuál será la FMS y el segundo cuál será la BMS (por ejemplo si el primer número es un 3, la FMS  será siempre "Mambo de Chocobo".