EA fabricaba esos cartuchos porque al inicio de todo no era licenciataria de Sega, si no que sacaba sus juegos de estrangis. Hicieron ingeniería inversa y se fabricaron su propio dev kit de Mega Drive para no tener que pagar royalties a Sega, por eso mismo sus cartuchos no eran los oficiales que fabricaba la empresa japonesa.
Más adelante cuando llegaron a un acuerdo EA (que logró un contrato donde pagaba royalties muy bajos por sacar sus juegos en la consola) siguieron fabricándose sus propios cartuchos, supongo que por aquello de ahorrar dinero y porque ya eran marca de la casa.
La prueba de que sus primeros juegos eran sin licenciar es que muchos de ellos no funcionan en las Mega Drive posteriores que llevaban protección (por ejemplo, las primeras copias de Budokan).
La historia es bastante más larga y con juicios de por medio, pero en esencia es eso.
De todos modos, no son los únicos cartuchos diferentes que existen para Mega Drive, Accolade es otra empresa que pasó de ser licenciataria de Sega y también se fabricaba sus propios cartuchos (con más líos de juicios de por medio):
En NES pasó algo similar con Tengen y otras varias empresas más, que no eran licenciatarias de Nintendo y sus cartuchos para la 8 bits eran también diferentes.