Primero deberías planear exactamente qué puntos de esfuerzo le darás a ese Lugia. Y sobretodo
no hacerlo luchar nunca durante el juego, porque ganará puntos de esfuerzo que seguramente no te interesen. Si le has hecho luchar por error, puedes darle ciertas bayas que hacen disminuir los puntos de esfuerzo. Y sí, nada más cogerlo, si tiene buenos genes (IVs) deberías darle las medicinas (Si es un Pokémon legendario, normalmente la gente guarda la partida antes de capturarlo para, si no tiene buenos genes o la naturaleza que te interesa, poder resetar el juego y capturarlo otra vez, hasta que salga lo que quieras). Así que sí, deberías pasarte primero el juego antes de criar un Pokémon competitivo.
Sobre los IVs, hay alguna fórmula para calcularlos, pero no puedes saber cuáles son (legalmente) con total exactitud. Yo uso
esta calculadora de IVs. Ten en cuenta que cuanto mayor sea el nivel del Pokémon del que quieres saber los IVs, más exactos serán los resultados de la calculadora.